Il 2 marzo del 1990, a Pontida, il segretario socialista lanciò il nuovo decalogo per l'autonomia delle Regioni che reclamava una struttura statuale ai "limiti del federalismo".
Nel corso dello stesso mese si tenne a Bologna il XIX Congresso del Pci in cui, per la prima volta, vennero discusse tre diverse mozioni. Prevalse quella del segretario Achille Occhetto, che propose l'avvio di una fase costituente finalizzata alla formazione di un nuovo partito progressista e riformatore. In questo contesto Craxi lanciò la parola d'ordine dell'"unità socialista". Alla fine del 1991 Craxi appoggiò la richiesta del Pds di entrare a far parte dell'Internazionale Socialista.
Il 28 febbraio 1991 Bettino Craxi fu nominato dal segretario generale dell'Onu consigliere speciale per i problemi dello sviluppo, della pace e della sicurezza.
Dal 27 al 30 giugno si tenne a Bari il Congresso straordinario del Psi. Craxi optò per il proseguimento della collaborazione governativa con la Dc, dando così vita al cosiddetto CAF (l'alleanza tra lui, Andreotti e Forlani).

MANI PULITE
Il 17 febbraio 1992 Mario Chiesa, presidente (socialista) del milanese Pio Albergo Trivulzio, una casa di riposo per anziani, venne fermato mentre incassava una tangente. Da quell'episodio partì l'inchiesta cosiddetta "Mani Pulite" (definita dai giornalisti "Tangentopoli").
Alcune settimane dopo (il 5 aprile 1992) le elezioni politiche segnarono una pesante sconfitta per i partiti storici. La Dc registrò un calo di 5 punti, i due partiti Pds e Rifondazione comunista, emersi dalla crisi del Pci, raggiunsero insieme il 21,7% (dal 26,6% di cinque anni prima). Il Psi subì una flessione, peraltro assai contenuta rispetto alla debacle generale, ottenendo il 13,6%. Riportarono successi due nuove formazioni politiche: la Lega Nord e la Rete. Alta fu la percentuale degli astenuti. Il governo fu formato dal socialista Giuliano Amato.
L'inchiesta Mani Pulite, intanto, assunse un ruolo e una dimensione superiore al perseguimento di singoli comportamenti delittuosi e investendo le responsabilità della classe politica a tutti i livelli, locale e nazionale, colpì in diversa misura tutti i partiti dell'arco costituzionale e, in particolare, Dc e Psi. Un ruolo importantissimo fu svolto dai mass media che interpretarono e indirizzarono il sentimento popolare prevalente di forte avversione per il ceto politico tradizionale. Il cosiddetto "circo mediatico giudiziario" giocò un ruolo di fondo nella delegittimazione e criminalizzazione della politica, dando luogo a vere e proprie "gogne mediatiche" anticipatrici di condanne, ben prima di qualsiasi processo.
Il 3 luglio 1992 Bettino Craxi prese la parola alla Camera. Nel suo discorso chiese a tutto il Parlamento, governo e opposizione, di assumersi la responsabilità di dare una soluzione politica alla crisi della Prima Repubblica innescata dalla diffusa illegalità del finanziamento dei partiti. Il 15 dicembre il leader socialista fu raggiunto da un avviso di garanzia (il primo di una lunga serie, a causa anche della improvvisa morte del segretario amministrativo del Psi, Vincenzo Balzamo) in cui, tra l'altro, si citavano proprio le sue dichiarazioni in Parlamento come prove della corruzione relativa ai costi della politica.
Il 25 gennaio Craxi propose al Parlamento l'istituzione di una Commissione di inchiesta su Tangentopoli. L'11 febbraio si tenne a Roma l'Assemblea nazionale del Psi. Craxi lasciò dopo 16 anni la carica di segretario del partito. Il suo posto fu occupato da Giorgio Benvenuto prima, e da Ottaviano Del Turco dopo. Iniziava la fase finale della vita del Partito socialista che si sciolse ufficialmente con il congresso del novembre 1994.
Il 29 aprile 1993 la Camera fu chiamata a votare l'autorizzazione a procedere nei confronti di Craxi, richiesta dalla Procura di Milano. Nel suo intervento parlamentare il leader socialista denunciò il carattere sistemico del finanziamento illegale della politica negando che questa materia potesse essere considerata "puramente criminale". La Camera negò l'autorizzazione a procedere. I giornali italiani gridarono allo scandalo, i ministri pidiessini del neocostituito Governo Ciampi si dimisero per protesta. Nel pomeriggio di quella stessa giornata, Craxi fu fatto oggetto di cori, insulti e lancio di monetine all'uscita dell'Hotel Raphael, l'albergo nel centro di Roma  suo quartier generale sin dagli anni delle prime trasferte romane.
Il 4 agosto 1993, a Montecitorio, Bettino Craxi pronunciò il suo ultimo discorso da parlamentare: "Per quanto riguarda il mio ruolo di segretario politico – dichiarò – io mi sono già assunto tutte le responsabilità politiche e morali che avevo il dovere di assumere, invitando senza successo altri responsabili politici a fare altrettanto con il medesimo linguaggio della verità (...). Per parte mia continuerò a difendermi nel modo in cui mi sarà consentito di farlo, cercando le vie di difesa più utili e più efficaci, e senza venire mai meno ai miei doveri verso la mia persona, la mia famiglia e tutte le persone che stimo e rispetto, siano esse amici o avversari".

HAMMAMET
Nel maggio del 1994 Craxi si trasferì nella sua casa di Hammamet, in Tunisia, dove rimase interrottamente fino alla morte. La Procura della Repubblica di Roma, intanto, ne chiese l'arresto. Da quel momento Bettino Craxi fu considerato un latitante. Lui continuò a definirsi un esule. Il Pool di Milano lo accusò di arricchimento personale, perseguito attraverso tangenti raccolte per finanziare illecitamente il suo partito. Più tardi lo stesso procuratore generale Gerardo D'Ambrosio dichiarò che Bettino Craxi non si arricchì personalmente.
In Tunisia l'ex leader socialista fu protetto dal presidente Ben Alì, che si oppose alla richiesta di estradizione avanzata dalla Procura milanese.
Da Hammamet Craxi continuò la sua battaglia, sia sul fronte della propria difesa personale, nei molti processi cui fu sottoposto, sia su quello della polemica politica, denunciando l'uso violento e strumentale della leva giudiziaria nella transizione del sistema politico italiano da una Repubblica dei partiti a una delle oligarchie e dei potentati economici. Riteneva l'accanimento giudiziario nei suoi confronti l'espressione massima di questa strategia. Nei sei anni di permanenza in Tunisia pubblicò su questo tema centinaia di articoli, note, comunicati e alcuni volumi (tra cui Il caso C.), comunicando ordinariamente via fax. Dedicò il suo tempo anche agli amati studi garibaldini, alla composizione di litografie e alla decorazione di anfore con la vernice tricolore.
Le sue condizioni di salute, critiche già dal 1996, si aggravarono ulteriormente. Fu operato per un tumore al rene da chirurghi dell'Ospedale San Raffaele di Milano di concerto con i colleghi tunisini. L'intervento riuscì, il suo rene fu espiantato, ma non ci fu il tempo per un'ulteriore operazione resa necessaria dai problemi al cuore e dal diabete cronico. L'unico tentativo sarebbe stato un complesso intervento cardiochirurgico in Italia, ma fu posto il veto della magistratura.
Bettino Craxi morì ad Hammamet il 19 gennaio 2000 per un arresto cardiaco. Per suo desiderio fu sepolto nel piccolo cimitero cristiano della cittadina tunisina. Sulla sua tomba è inciso: "La mia libertà equivale alla mia vita".